Üç Bin Yıllık Bekleyiş, kavanoza hapsedilen bir Cin ile yolları kesişmesiyle hayatı bambaşka bir hal alan Alithea'nın hikayesini konu ediyor. Bir bilgin olan Alithea’nın yolu bir gün kavanoza hapsedilen bir Cin ile kesişir. İkisi, İstanbul’da bir otel odasında sohbet etmeye başlar. Özgürlüğüne kavuşmak isteyen Cin, Alithea’yı kendisine yardımcı olması için ikna etmeye çalışır. Cin, Alithea’nın yardımcı olması karşılığında onun üç dileğini gerçekleştirmesi yönünde bir vaatte bulunur. Teklifi kabul edip Cin’e yardım eden Alithea'nın dilekleri, zaman içinde yirmi yıl atlamayla sonuçlanır. Bu süreçte ikisi birbirlerine karşı beklenmedik duygular geliştirir.